El sistema RAS ejecuta una serie de procesos de tratamiento para mantener la calidad del agua en operaciones de piscicultura intensiva. Estos pasos se realizan a menudo en orden o en tándem. Primero se trata el agua para eliminar los sólidos antes de ingresar a un biofiltro para convertir el amoníaco; luego se produce la desgasificación y la oxigenación, a menudo seguidas de calentamiento/enfriamiento y esterilización.